9月20日，卫生部副部长维吉尔对媒体表示：近期本地又发现新增319例感染德尔塔变异病毒的确诊病例，目前德尔塔已成为“最新全基因组测序样本中最常见的谱系”，占比从6月份的5%增加到8月份发现的89%。
菲89%新冠病例为德尔塔感染者德尔塔变异病毒曾引起印度染疫人数暴增，且死亡人数创下当地疫情爆发以来的历史新高。
维吉尔说：“自5月29日检测到本地有感染德尔塔变异病毒的病例以来，确切地说，在接下来的几个月里，被发现德尔塔变异病毒病例数的比例有所增加。”
这位卫生部副部长解释道：德尔塔变异病毒的高传播性及取样检测时优先选取目标地区的样本送检造成上述比例的增加。
12530个具有谱系的测序样本中，已检测到3027例即24.16%感染德尔塔变异病毒的病例，2734例即21.82%感染贝塔变异病毒（首次发现于南非）的病例，2461例即19.64%感染阿尔法变异病毒（首次发现于英国）的病例。
维吉尔总结说：“所有地区不是有感染阿尔法、贝塔就是有感染德尔塔变异病毒的病例，这占所有送检进行基因测序的样本总数的65.6%。”
她特别提到：在送检的916个海外回国菲人的测序样本中，有601个即65.6%的病例呈阳性，其感染的变异病毒属于需要关注的变异病毒。
维吉尔还透露：80岁及以上的人的病死率最高，为17.14%。其次是70至79岁（11.48%）、60至69岁（5.45%）、50至59岁（5.48%）。
她说：“总体而言，因感染德尔塔变异病毒导致的病例病死率为 2.48%，男性的死亡率是女性的两倍。”
截止9月20日，新增18937例确诊病例，本地累计染疫人数已达2,385,616，其中有 2,171,832人已康复，36934 已死亡。